L'alerte a été critiquée comme prêtant à confusion sur les risques de transmission du VIH entre médecin et patient.

Dans un message d'alerte sanitaire daté du 23 septembre, la Direction générale de la Santé (DGS) avait invité des femmes ayant eu recours à une IVG dans quatre cliniques de Barcelone où exerçait un médecin séropositif, à prendre contact avec leur médecin. Cette alerte a été dénoncée par plusieurs organisations pour son ton alarmiste et qui pouvait porter à confusion quant aux risques de transmission du VIH entre médecin et patient. Comme l'a rappelé le Conseil national du sida (CNS), "le risque de transmission nosocomiale du VIH survient uniquement en cas d'accident d'exposition au sang. Rien ne permet de penser qu'une telle situation s'est produite [les IVG en cause ont été pratiqués par aspiration]. Alors le risque est infime." Le CNS a également précisé que "par lui-même, l'exercice de la médecine par une personne vivant avec le VIH ne constitue aucunement un risque de transmission de cette infection". De son côté, Act Up-Paris et Sidaction ont dénoncé une alerte "démesurée et injustifiée" avant de préciser qu'une telle communication pouvait "accentuer la discrimination et la condamnation implicite à l'encontre des personnes séropositives (...) ainsi qu'à l'encontre des femmes ayant recours à l'IVG". Le 25 septembre, Aides s'était également déclaré "très choquée" par cette alerte. Les associations demandent l'organisation d'une réunion de travail dans les plus brefs délais.