Le frère Alejandro Fernandez Barrajon dénonce également la position du Vatican sur l'interdiction de l'ordination des prêtres homosexuels.

Le président de la Confer, la conférence espagnole des religieux, une organisation qui regroupe 399 congrégations religieuses dont 104 masculines et 295 féminines (soit environ 64.000 religieux), considère que Jésus n'aurait jamais partagé la position du Vatican sur l'homosexualité. Le frère Alejandro Fernandez Barrajon a ainsi expliqué que "ce n'est pas évangélique de discriminer une personne pour son orientation sexuelle. L'important, ce n'est pas l'orientation sexuelle mais la maturité sexuelle et affective des candidats à la vocation sacerdotale. Jésus ne l'aurait pas fait." Le frère Alejandro Fernandez Barrajon n'a d'ailleurs pas caché ses dissensions avec certains ecclésiastiques. "Ce n'est pas bon que l'Église appuie des manifestations contre quelqu'un, a-t-il déclaré faisant référence à l'attitude des prélats espagnols qui ont participé aux manifestations contre le mariage des couples homosexuels et la réforme de l'éducation. Ce que doit faire l'Église, c'est rechercher des positions communes. L'Église doit être celle de tous et pour tous."